Il nucleo storico della Biblioteca di Filosofia è costituito dalla Biblioteca del Museo Pedagogico dell'Università di Roma. Questa Raccolta si è formata a partire dal 1875 ed ha continuato ad incrementarsi attraverso la stratificazione di successive raccolte librarie, talvolta con interruzioni e risvolti drammatici, fino al 1935 quando, alla fine, è stata suddivisa tra la Biblioteca dell'Istituto di Filosofia e Biblioteca dell'Istituto di Pedagogia della Facoltà di Magistero dell'Università di Roma che ora fa parte della Biblioteca di area di Scienze della formazione dell'Università di Roma Tre.
L'evolversi di queste complesse vicende, che hanno visto la costituzione prima, poi la riforma, il trasferimento, la soppressione, il recupero e in fine l'estinzione di diverse istituzioni scientifiche e bibliotecarie, è narrato in Gaetano Colli, Biblioteche di filosofi nella Biblioteca di Filosofia della Sapienza romana, «Culture del testo e del documento», 15, 2014, n° 44, Maggio-Agosto, al quale si rinvia, oltre che per la ricostruzione storica degli eventi anche per l'esposizione del progetto di valorizzazione di questo Fondo. In questa sede riportiamo solamente un quadro sinottico che espone il succedersi cronologico degli eventi che hanno riguardato questa Biblioteca e che si può dividere in due tronconi principali, il primo, che va dal 1875 al 1901, sostanzialmente sotto la responsabilità di Antonio Labriola; il secondo, che va dal 1906 al 1935, sostanzialmente sotto la responsabilità di Luigi Credaro.
1875-1880: Biblioteca del Museo d'istruzione e d'educazione, ente ministeriale.
1881-1886: Il ministro della Pubblica istruzione Guido Baccelli, succeduto al Bonghi, decreta il trasferimento del Museo all'Università di Roma annettendolo alla cattedra di Pedagogia. I libri, tuttavia, seguono una strada diversa e vengono trasferiti alla Biblioteca nazionale V.E. II.
1886-1891: Una parte dei libri viene recuperata e costituisce la Biblioteca del Museo d'istruzione annesso alla cattedra di Pedagogia dell'Università.
1891-1901: Soppressione del Museo d'istruzione. La biblioteca del soppresso Museo, in assenza di specifiche determinazioni, rimane nella disponibilità dell'Università.
1901-1906: La Biblioteca del Museo d'istruzione viene trasferita presso la Biblioteca universitaria Alessandrina. In questo periodo cessa di incrementarsi.
1906-1923: Luigi Credaro avvia l'operazione di recupero dei libri depositati presso la Nazionale e l'Alessandrina, e costituisce la Biblioteca del Museo pedagogico annesso alla Scuola di Pedagogia.
1923-1935: La Biblioteca del Museo pedagogico, anche se informalmente, continua a vivere e ad incrementarsi.
1935: La Biblioteca del Museo pedagogico viene suddivisa tra l'Istituto di Pedagogia della Facoltà di Magistero e l'Istituto di Filosofia fondato da Giovanni Gentile.
Le ricerche inerenti la Biblioteca del Museo Pedagogico, oltre a restituire la ricostruzione dell'intero catalogo, hanno consentito anche di riconoscere, all'interno di questo, i due diversi fondi, quello attribuibile ad Antonio Labriola e l'altro attribuibile a Luigi Credaro
